En el año 90, Lagos ejerció como alcalde designado del gobierno de Patricio Aylwin hasta 1992, fecha en que se llevaron a cabo las primeras elecciones edilicias después del retorno a la democracia. En dicha oportunidad resultó elegido con la primera mayoría Santiago Arata y a su fallecimiento, el concejo municipal de aquel entonces debió elegir al sucesor, resultando en la votación del concejo un empate entre Hernán Lagos e Iván Paredes siendo alcalde desde 1993 al 1994.

Su trayectoria política Hernán Lagos la desarrolló en su partido de toda la vida, la Democracia Cristiana. Fue presidente de la Democracia Cristiana en Arica, jefe de gabinete de la ex intendenta Antonella Sciaraffia Estrada y durante la gestión de Iván Paredes, se desempeñó como concejal

Son destacables durante su gestión, la tranformación de la ex escuela modelo en la Casa Consistorial, lugar donde hasta hoy funciona el municipio local. También se destaca el paseo 21 de Mayo y otras.

Al conocerse su deceso, hubo diversas manifestaciones lamentando la partida. El ex alcalde y ex diputado Iván Paredes manifestó que: “Quiero sumarme al pesar por la partida de este plano de existencia de quién en vida fuera alcalde de la ciudad de Arica, Don Hernán Lagos Zuñiga. Con Hernan Lagos, nos separaron profundas discrepancias, fue un duro adversario politico, pero de quién no tengo dudas, quiso lo mejor para nuestra ciudad y su gente”.

Por su parte  el alcada de de Arica Gerardo Espíndola expresó: “Como alcalde agradezco el desafío que él asumió de liderar la reconstrucción democrática de nuestro municipio una vez finalizada la dictadura y envío un abrazo fraterno a su familia en este triste momento”.

En este mismo sentido, el concejal Jorge Mollo, indicó que el ex alcalde Hernán Lagos Zúñiga es de otra generación de políticos, donde el diálogo estaba por sobre toda las cosas, “una lamentable e irreparable pérdida para la ciudad, un hombre que dio su vida por el servicio público y que dedicó su vida a servir a otros y que marcó un punto de inflexión en la ciudad haciéndose cargo de la comuna en un momento de transición a la democracia”.